Badanie genetyczne WES (ang. Whole Exome Sequencing) to jedno z najbardziej zaawansowanych i kompleksowych badań genetycznych, które pozwala na jednoczesną analizę wszystkich kodujących fragmentów genów ludzkich. Wykorzystując technologię NGS (Next Generation Sequencing), sekwencjonuje około 22 000 genów, umożliwiając precyzyjną diagnostykę chorób genetycznych zarówno u dzieci, jak i dorosłych. Badanie to jest kluczowe w identyfikacji genetycznych przyczyn objawów klinicznych, co wspiera personalizację leczenia i planowanie rodziny.
Oczekiwanie na wynik
25 dni roboczych
Materiał
Krew
Przygotowanie
Badanie WES jest kompleksową analizą eksomu, czyli zbioru wszystkich genów kodujących białka w ludzkim genomie. Dzięki technologii Sekwencjonowania Nowej Generacji (NGS), pozwala na dogłębną analizę około 22 000 genów w celu ustalenia przyczyny niekorzystnych objawów klinicznych, których etiologia jest niejasna. Badanie WES jest elastyczne – zakres analizy jest dostosowywany indywidualnie do potrzeb każdego pacjenta i jego konkretnych problemów zdrowotnych, co pozwala na wykrycie potencjalnych przyczyn objawów w ramach jednego testu.
Analiza obejmuje identyfikację i szczegółową ocenę punktowych wariantów (SNV), wariantów insercyjno/delecyjnych (indels) oraz zmian liczby kopii (CNV) w genach powiązanych z występującymi objawami. Dodatkowo, w ALAB laboratoria, oferowana jest analiza mitochondrialnego DNA (mtDNA), co jest szczególnie istotne w diagnostyce chorób mitochondrialnych, często manifestujących się schorzeniami neurologicznymi, okulistycznymi czy metabolicznymi.
Procedura analizy wyniku badania WES jest wieloetapowa. Rozpoczyna się od ekstrakcji materiału genetycznego (DNA), najczęściej z komórek jądrzastych krwi, a następnie przygotowania biblioteki genowej do sekwencjonowania. Kolejnym etapem jest samo sekwencjonowanie, które określa kolejność nukleotydów. Zebrane dane poddawane są zaawansowanej analizie bioinformatycznej, a następnie klinicznej, prowadzonej przez doświadczonych specjalistów. Poszukują oni zmian, które mogą negatywnie wpływać na zdrowie pacjenta, interpretując je w oparciu o aktualną wiedzę medyczną, literaturę i specjalistyczne bazy danych. Do klasyfikacji patogenności wykrytych wariantów stosowane są uznane międzynarodowe kryteria ACMG oraz zalecenia ACGS. W przypadku wariantów o nieustalonym znaczeniu klinicznym (VUS), raportowane są te, które posiadają dowody sugerujące ich patogenność (tzw. hotVUS).
Należy pamiętać, że nie wszystkie zmiany genetyczne są niebezpieczne, a wiele z nich nie wpływa na stan zdrowia. Specjaliści interpretują wyniki z dużą ostrożnością, zawsze uwzględniając obecność objawów klinicznych u pacjenta. Badanie WES umożliwia również ponowne analizowanie danych genomowych pacjenta w przyszłości, z wykorzystaniem najnowszych algorytmów bioinformatycznych i narzędzi oceny wariantów, co pozwala na aktualizację diagnozy wraz z postępem wiedzy medycznej.
W cenie badania WES w ALAB laboratoria oferowane są dwie konsultacje genetyczne z lekarzem genetykiem klinicznym. Pierwsza konsultacja służy uzyskaniu skierowania na badanie i omówieniu jego zasadności, natomiast druga, po otrzymaniu wyniku, pozwala na jego kompleksowe omówienie i wydanie dalszych zaleceń. Konsultacje te są dostępne online (telefonicznie lub wideo).
Badanie genetyczne WES jest rekomendowane w przypadku wystąpienia niepokojących objawów klinicznych, zwłaszcza gdy dotychczasowe diagnozy nie przyniosły rozwiązania lub istnieje podejrzenie genetycznej przyczyny choroby. Główne wskazania do wykonania badania WES obejmują:
Badanie jest istotne zarówno dla dzieci, u których objawy często pojawiają się we wczesnym wieku, jak i dla dorosłych z niezdiagnozowanymi lub podejrzewanymi chorobami genetycznymi. Jest również wskazane w ocenie statusu nosicielstwa, co ma znaczenie w planowaniu rodziny i oszacowaniu ryzyka choroby u potomstwa oraz innych członków rodziny.
W przypadku badań genetycznych, takich jak kompleksowe sekwencjonowanie egzomu (WES), pojęcie "normy" różni się od standardowych zakresów referencyjnych dla badań biochemicznych czy morfologicznych. Dla WES "norma" oznacza brak wykrycia patogennych lub prawdopodobnie patogennych wariantów genetycznych, a także wariantów o nieustalonym znaczeniu klinicznym (VUS) z istotnymi dowodami na patogenność, które mogłyby w pełni wyjaśniać objawy kliniczne pacjenta.
Wynik badania WES jest zawsze interpretowany w odniesieniu do ludzkiego genomu referencyjnego. Wszelkie odchylenia od tej referencyjnej sekwencji są analizowane pod kątem ich znaczenia klinicznego. Należy pamiętać, że interpretacja wyników jest procesem złożonym i wymaga uwzględnienia pełnego obrazu klinicznego pacjenta, jego historii medycznej oraz historii rodzinnej.
Interpretacja dla różnych grup wiekowych i płci: Warianty genetyczne są stałe w genomie pacjenta niezależnie od wieku czy płci. Jednakże, ich ekspresja kliniczna, czyli sposób, w jaki manifestują się jako objawy choroby, może różnić się w zależności od tych czynników. Na przykład, niektóre choroby genetyczne ujawniają się dopiero w wieku dorosłym, inne są typowe dla dzieciństwa. Interpretacja wyników badania WES zawsze uwzględnia wiek, płeć oraz specyficzne objawy kliniczne pacjenta, co pozwala na precyzyjniejsze skorelowanie wykrytych zmian genetycznych z fenotypem.
"Odchylenia od normy" w badaniu genetycznym WES to zidentyfikowane zmiany w sekwencji DNA, które są klasyfikowane jako patogenne (chorobotwórcze), prawdopodobnie patogenne lub jako warianty o nieustalonym znaczeniu klinicznym (VUS) z istotnymi dowodami na patogenność, które mogą być przyczyną objawów klinicznych pacjenta. Te odchylenia obejmują:
Interpretacja odchyleń:
Wykrycie patogennego lub prawdopodobnie patogennego wariantu genetycznego oznacza, że zidentyfikowano genetyczną przyczynę choroby pacjenta. Taki wynik pozwala na postawienie precyzyjnej diagnozy, co otwiera drogę do spersonalizowanego leczenia, planowania opieki medycznej, a także doradztwa genetycznego dla pacjenta i jego rodziny.
Warianty o nieustalonym znaczeniu klinicznym (VUS) to zmiany, których związek z chorobą nie jest jeszcze w pełni poznany. W ALAB laboratoria raportowane są VUS, które posiadają wstępne dowody sugerujące ich patogenność (tzw. hotVUS). Wiele zmian genetycznych jest neutralnych i nie wpływa na zdrowie, a ich obecność nie jest interpretowana jako "odchylenie od normy" w kontekście choroby. Interpretacja wyników jest zawsze prowadzona przez doświadczonych specjalistów, z uwzględnieniem najnowszej wiedzy naukowej i objawów pacjenta, co zapewnia najwyższą jakość diagnostyki.
Przygotowanie do badania genetycznego WES w ALAB laboratoria jest prostym, ale uporządkowanym procesem, obejmującym kilka kluczowych kroków:
Na wynik badania genetycznego WES, a dokładniej na jego interpretację i użyteczność kliniczną, może wpływać kilka czynników:
Uzyskane w wyniku konsultacji genetycznej skierowanie na badanie jest konieczne do jego wykonania.
Na każde badanie z zakresu genetyki człowieka wymagana jest podpisana przez Pacjenta deklaracja świadomej zgody na wykonanie takiego badania. Dokumenty dostępne do pobrania w zakładce: Formularze dla pacjenta.